Животный мир
Гадюки в заповеднике обычны, но численность их невелика. Обитают на берегах заливов, на лугах, по окраинам болот и в заболоченных лесах. Вариации окраски этих змей поражают разнообразием: угольно-черная, серая различных оттенков, голубоватая, коричневая — от светло-бежевой до красноватой. Черные, серые и коричневые особи стречаются примерно с одинаковой частотой.
Ужи держатся преимущественно вблизи водоемов. В первые годы после образования водохранилища их было в заповеднике довольно мало, но сейчас они стали самыми обычными обитателями лесов и лугов по берегам водохранилища. Так, на -километровом участке берега в период спаривания было насчитано более сотни ужей. Массовые кладки ужей по нескольку сот яиц находили в кучках мякины и навоза возле сараев, в полусгнивших стволах поваленных деревьев в лесу.
В первые годы после заполнения водохранилища (1949-1952) главными промысловыми рыбами были лещ, судак, щука и налим. Из малоценных видов были обычны ерш, окунь и плотва. По сравнению с 1941 г. ихтиофауна стала беднее по причине исчезновения проходных и реофильных рыб, но вселились новые виды — снеток и ряпушка, проникшие из оз. Белого. Акклиматизация амурского и волжского сазанов, рипуса и сига оказалась неудачной. В 1952 г. в северной части водохранилища было 27 видов рыб. Среди них редкими были стерлядь и белоглазка; довольно многочисленным — линь, обитавший преимущественно на участках с сухостойным затопленным лесом; увеличилась численность синца, но в уловах его было мало, так как в те годы преобладал прибрежный неводной лов (Благовидова, Световидова, 1960).
В 1966-1967 гг. в Моложском плесе водохранилища было уже только 24 вида рыб. Исчезли подуст, белоглазка и стерлядь. Очень редко встречались елец, ряпушка и голавль. В связи с исчезновением прибрежного биотопа затопленных лесов стало меньше линей. В уловах (в этот период преобладал уже сетной лов) первое место занимала плотва, за ней — окунь, синец и лещ. Темп роста плотвы ускорился за счет питания дрейссеной, которая к этому времени широко расселилась по водохранилищу (Световидова, 1975). Позднее в уловах стал преобладать синец. В контрольных сетных уловах в 1971-1975 гг. синец в Моложском плесе составлял 50%, а в 80-е годы — до 60% (по числу экземпляров). На втором месте был лещ, на третьем — плотва.
Сейчас в Моложском плесе в районе заповедника обитает 22 вида рыб. Основными промысловыми видами остаются лещ, синец, плотва, щука, судак, обычны в уловах густера, язь, чехонь, окунь, налим, редки — елец, линь, сазан, пелядь, сом, вьюн, щиповка, жерех. Пелядь несколько раз выпускалась в водохранилище с целью акклиматизации, но до сих пор встречается редко.
Благополучие нереста, роста и развития мальков большинства промысловых рыб зависит от гидрологического режима водохранилища. Быстрый и ранний весенний подъем воды и длительный летний паводок создают благоприятные условия для нереста и нагула рыб на обширных мелководных заливах, зарастающих земноводными и водными растениями. Второе необходимое условие — снижение уровня с середины лета. В этом случае рано обсохшие мелководья успевают зарасти травянистыми растениями, которые послужат весной нерестовым субстратом.
Большую роль в жизни рыб играет и такой абиотический фактор, как зимний дефицит кислорода. Он возникает главным образом в Моложском плесе, куда впадает много речек, вытекающих из болот и приносящих большое количество органических веществ. В годы с продолжительной морозной зимой, без оттепелей, когда не образуется полыней, зимние заморы рыб в Моложском плесе становятся обычным явлением.
До образования Рыбинского водохранилища в водоемах Молого-Шекснинского междуречья преобладал речной комплекс гидробионтов. Сейчас в водохранилище выделяются три фаунистических комплекса: речной (настоящие и бывшие реки), озерный (открытая часть водохранилища) и озерно-прудовой (мелководья, заливы).
Гидробиологические исследования на стационарах заповедника и материалы трех гидробиологических съемок Моложского плеса водохранилища 1952, 1966 и 1983 гг. позволили качественно и количественно охарактеризовать зоопланктон и зообентос этих комплексов и их изменения, связанные с различными причинами (Фенюк, 1960; Лещинская, 1975).
Сразу после заполнения водохранилища до проектной отметки зоопланктона было немного, в дальнейшем его численность стала быстро нарастать, главным образом за счет некоторых видов коловраток и ветвистоусых рачков.
Эти изменения коснулись прежде всего зоопланктона прибрежных участков, изолированных от открытого плеса. В 60-е годы зоопланктон состоял главным образом из коловраток и ранних личиночных стадий веслоногих рачков. В фаунистический комплекс водохранилища в это время входили широко распространенные виды. В дальнейшем биомасса зоопланктона на мелководья стала снижаться из-за обеднения ранее богатых биогенами грунтов и погребения продуктивных илов под наносами песка. К 1967 г. по сравнению с 1952 г. она снизилась вдвое, а к 1983 г. — более чем в 6 раз (от 2,0 до 0,1—0,3 г/м³). Среди фоновых видов зоопланктона сейчас можно отметить коловраток родов Polyarthra, Asplanchna, Keratella, Kelicottia, из ветвистоусых — родов Daphnia, Bosmina и Chidorus; из веслоногих — рода Mesocyclops.
Зоопланктон материковых озер, расположенных среди верховых болот, существенно отличается от зоопланктона водохранилища. Обследование 26 озер, представляющих весь диапазон уровней трофности и гумификации, вода которых характеризуется слабокислой реакцией (рН=5,0-6,7), показало, что в подкисленных олиготрофных и дистрофных озерах доминируют: из ветвистоусых — рачки родов Diaphanosoma, Holopedium, Bosmina, Polyphemus, Chydorus, Daphnia; из веслоногих-— Eudiaptomus и Mesocyclops. Зоопланктон мезотрофных и эвтрофных слабокислых озер близок по составу к фауне мелководий водохранилища. Средняя численность его в озерах, где очень многочисленны коловратки, может достигать 500 тыс. экз./м³. В тех озерах, где доминируют ракообразные, численность зоопланктона не превышает 50-70 тыс. экз./м³. Средняя биомасса зоопланктона озер колеблется от 0,3 до 9,3 г/м³, максимальна она в эвтрофных и гипертрофных озерах, минимальна — в олиготрофных и мезотрофных.
В зообентосе Моложского плеса преобладают личинки хирономид, меньше малощетинковых и круглых червей, брюхоногих и двустворчатых мол-сков. Численность и биомасса личинок мокрецов, ручейников, поденок, водяных клещей и пиявок незначительны. В так называемый мотылевый период — период интенсивного заселения впервые заливаемой суши личинками хирономид (1946-1947 гг.) — был обнаружен 61 вид этого семейства, преимущественно из родов Chironomus и Glyptotendipes. На обширных пространствах бывшей суши — лугов, пастбищ, пашен и лесов — личинки хирономид составляли 56,5-99,9% общей биомассы бентоса (Фенюк, 1960). Зообентос затопленных лесов, состоявший в основном из личинок хирономид, имел особенно высокую биомассу (до 48,0 г/м²).
Других насекомых, как в личиночной, так и во взрослой стадиях, на Рыбинском водохранилище немного. Лишь в мелководных заливах, отшнуровавшихся лужах и других хорошо защищенных от волнобоя и прогреваемых участках литорали в зарослях водных растений богатая фитофильная фауна представлена ракообразными, личинками и взрослыми формами насекомых, червями и моллюсками. Но такие участки в сравнении с общей площадью водохранилища очень малы. Олигохеты (Tubificidae, Lumbricilidae) многочисленны только в глубоких местах водоема. Моллюсков в бентосе также мало. Брюхоногие моллюски родов Limnaea, Planorbis, Anisus, Bythinia, Valvata, Vivipapus населяют обычно прибрежную полосу, а двустворчатые из родов Anodonta, Pseudanadonta, Unio, Sphaericium, Pisidium — небольшие ручьи и речки. Однако за последние 20 лет доля моллюсков в бентосе значительно увеличилась в результате вселения дрейссены. В 1982-1983 гг. на русловых участках Моложского плеса частота встреч дрейссены в пробах бентоса составляла 72,7-88,7%. Численность нематод на некоторых участках возросла до 33 тыс. экз./м² с биомассой 0,9 г/м². Больше стало и личинок мокрецов. В 1966 г., когда режим водохранилища "достаточно стабилизировался, максимальная продуктивность бентоса была на участках с мощными иловыми отложениями (7560 экз./м² и 41,49 г/м²), значительно меньше — на слабых илах и на илах с песком (4000 экз./м² и 7,0 г/м²), еще ниже — на торфянисто-илистых грунтах (500—100 экз./м² и 2,0 г/м²). На песчаных грунтах биомасса бентоса измерялась долями грамма.
Видовой состав донной фауны с 1948 по 1983 г. почти не изменился, однако несколько изменилось соотношение отдельных групп. Сокращение площади впервые заливаемой суши, исчезновение затопленных лесов, погребение илов под песками снизило численность и биомассу главного компонента зообентоса — личинок хирономид. На некоторых участках их заменили нематоды и личинки мокрецов.
За четыре десятилетия существования заповедника фаунистический комплекс наземных беспозвоночных приобрел новый облик. Среди околоводных насекомых доминируют те стрекозы, личинки которых развиваются в мелководных заливах водохранилища, прудах и лужах: стрелки, настоящие стрекозы, бабки, коромысла. По сей день нет реофильных видов стрекоз — красоток и дедок. Небогато представлены поденки, веснянки, ручейники. Меньше стало хирономид. Однако повсеместно и ежегодно бывают вспышки численности кровососущих — комаров и слепней, личинки которых развиваются на мелководьях и верховых болотах.