Животный мир
За 40 лет существования заповедника число медведей увеличилось с 10-12 до 60-65. Ежегодно бывает 40-50 встреч людей с медведями. Как правило, звери ведут себя вполне миролюбиво. Известна только одна попытка нападения медведя на человека. Медведицы иногда стараются отпугнуть человека от своих малышей. Чаще всего медведица рождает одного медвежонка, реже двух и совсем редко — трех.
Медведь хищничает в заповеднике редко. Нападения на лосей, кабанов и домашний скот единичны. Зато его деятельность как санитара, поедающего трупы животных, павших по различным причинам, в том числе и от болезней, весьма полезна. Кормами в заповеднике медведь хорошо обеспечен. Из растительных кормов это травянистые растения, листья деревьев и кустарников, ягоды, корневища прибрежно-водных растений, а из животных — насекомые, рыба, падаль. Медведь нагуливает достаточный запас жира на зиму, о чем свидетельствует отсутствие шатунов. Даже потревоженный зимой медведь снова ложится в берлогу.
Из зайцеобразных на территории заповедника обитает беляк, а русак лишь изредка заходит с соседних совхозных угодий.
Белок в заповеднике мало. Они населяют ельники, елово-сосновые и елово-березовые леса. Численность их зависит от урожая семян ели и сосны. В заповеднике обитает всего около 200 белок с колебаниями в разные годы от 30 до 300 особей.
Лесных мышевидных грызунов в заповеднике мало, среди них фоновый вид — рыжая лесная полевка, более редки темная полевка и северная мышовка. Численность лесных мышевидных грызунов в течение всех 40 лет оставалась низкой (не более двух зверьков на 100 ловушко-суток). Только в 1962 и 1983 гг. численность их возрастала в среднем до 6 зверьков, а максимальная численность рыжих полевок (38 на 100 ловушко-суток) была в 1962 г. в ельниках. На суходольных лугах и полях вблизи поселков встречаются небольшие поселения обыкновенных полевок.
В зоне временного затопления многочисленна полевка-энономка. Она быстро расселилась в зарослях осоки и двукисточника тростниковидного, вытеснив менее влаголюбивую обыкновенную полевку, и стала фоновым видом в прибрежной зоне (Калецкая, 1979). Численность экономки в значительной степени определяется уровенным режимом водохранилища, а именно высотой и продолжительностью летнего паводка. В годы, когда местообитания полевок затопляются на два-три месяца, численность их осенью не превышает 5-6 зверьков на 100 ловушко-суток, а при благоприятных условиях, когда прибрежные заросли не заливаются или затапливаются на короткий срок, численность экономки возрастает до 15-20, даже до 40-45 зверьков на 100 л/с.
В населенных пунктах и на кордонах заповедника живут домовые мыши.
В конце 70-х годов в соседних с заповедником деревнях появилось много серых крыс. Они очень быстро проникли на центральную усадьбу и кордоны заповедника. Даже в сторожевых избушках, изолированных от населенных пунктов большими болотами, где постоянно никто не живет, крысы благополучно зимуют уже несколько лет.
В 70-е годы в заповеднике на берегах водохранилища, его заливов, рек и ручьев поселились новые обитатели — европейский бобр и ондатра.
Начиная с 1976 г. бобры заходили в заповедник на короткий срок, поодиночке, на зиму не оставались. Затем соорудили одну жилую хатку, а в 1982 г. в верховье одной из малых рек у границы заповедника бобры построили несколько плотин и две хатки. В 1983 и 1984 гг. это поселение также было обитаемым. Второе поселение — плотина и нора в верховье другой речки — также было основано в 1982 г.
Ондатра впервые отмечена в заповеднике в 1976 г. В 1977 г. найдены 3 хатки, а через год — уже 40 хаток. Ондатры стали быстро расселяться по всем заливам, рекам и ручьям, а затем появились на внутренних озерах, прудах и канавах в населенных пунктах. Бурному росту численности ондатры и расселению ее по берегам водохранилища способствовало формирование в зоне временного затопления широкой, почти сплошной полосы тростниковых зарослей на месте прежних сухопутных затопленных лесов. В тростниках ондатры строят свои хатки, находят достаточно кормов — стеблей, листьев и корневищ тростника, омежника, манника и других прибрежно-водных растений. В верховьях рек и ручьев с крутыми берегами ондатры роют норы. Весной и осенью они поедают множество двустворчатых моллюсков — беззубок и перловиц. Кормовые столики зверьков в это время сплошь усыпаны пустыми раковинами и их осколками.
На километр береговой линии приходится обычно 7 ондатровых хаток или нор. Осенью и зимой, когда уровень воды сильно снижается, ондатры вынуждены совершать большие переходы в поисках мест, удобных для зимовки. В это время они становятся легкой добычей лисиц, енотовидных собак и хищных птиц.
Самые многочисленные насекомоядные в заповеднике — землеройки бурозубки. Они встречаются повсюду: в лесах, на лугах, на верховых болотах, на всплывших торфяниках, но особенно много их в зоне временного затопления. Осенью по окончании размножения в прибрежных зарослях канареечника, тростника и осок на 100 ловушко-суток попадается до 12-15 бурозубок. Преобладает обыкновенная бурозубка (87%); малая бурозубка встречается гораздо реже (13%), а средняя бурозубка — единично. Довольно редка обыкновенная кутора, которая обитает как на побережье, так и в заболоченных лесах.
На лугах и в березняках кое-где попадаются выбросы земли и поверхностные ходы кротов. Местообитаний крота в заповеднике немного, и численность его низкая. Еще реже встречаются ежи — в течение года удается увидеть всего одного-двух зверьков. Летучих мышей в заповеднике три вида — двухцветный кожан, рыжая вечерница и усатая ночница. Чаще других встречаются двухцветные кожаны, небольшие колонии которых, по 10—20 зверьков, ютятся на чердаках домов, сараев, в редких дуплах осин, иногда в скворечниках. Рыжие вечерницы и усатые ночницы встречаются единично и не каждый год. На зимовку летучие мыши не остаются.
Первый список птиц заповедника был составлен Е.П. Спангенбергом и И.М. Олигером (1949) по наблюдениям 1946 и 1947 гг. Впоследствии он дополнялся В.В. Немцевым главным образом за счет редких и малочисленных видов. В 80-е годы фауна пернатых заповедника насчитывала 230 видов из 16 отрядов (Калецкая, 1978). Из них 133 вида гнездящихся, 31 — встречаемый только на пролете, 16 — случайных залетных и очень редких.
Большинство гнездящихся птиц, оседлых и перелетных, принадлежит к воробьиным, пластинчатоклювым, ржанкообразным и хищным. Периодически в заповеднике наблюдают белую сову, бородатую и длиннохвостую неясыть, воробьиного сыча, белого аиста, серую куропатку, белую лазоревку, кедровку. К случайно залетным относятся гага-гребенушка, белоглазый нырок, люрик, малая выпь, белая цапля, серощекая поганка, удод, кобчик.
Гняздящиеся в заповеднике беркут, скопа и орлан-белохвост занесены в Красную книгу России. Они особенно тщательно охраняются и изучаются.
За время существования заповедника некоторые виды, гнездившиеся в 1946-1959 гг., исчезли: сапсан, змееяд, малая курочка, овсянка-дубровник, перепел.
Из гагар в заповеднике только один вид — чернозобая гагара, очень немногочисленная. Гнездится на озерах среди болот, а кормится на открытых плесах водохранилища, где иногда попадает в рыболовные сети. Среди поганок самая обычная — большая поганка, или чомга. Свои плавучие гнезда она строив мелководных заливах. Весной птицы группками токуют на открытой воде, издавая громкие протяжные крики. К осени чомги с подросшими птенцами широко рассеиваются по водоему, и их можно встретить далеко от берега на открытой воде. Черношейная и красношейная поганки останавливаются на водохранилище исключительно во время миграций.
На водохранилище два вида голенастых — серая цапля и большая выпь. Серая цапля в заповеднике сейчас не гнездится. Однако в послегнездовой период небольшие стайки молодых птиц из колоний за пределами заповедника кормятся и Отдыхают на береговых отмелях заповедных заливов. В двух известных на водохранилище колониях ежегодно гнездится около 150 пар цапель. Гнездование большой выпи в заповеднике весьма вероятно, хотя гнезд ее не находили, но самих птиц неоднократно встречали в гнездовой период и слышали их брачное «буханье».